El pueblo surge en el año de 1979 fecha en la que se abre la carretera que más tarde unirá a los pueblos de Buenavista y Paccha: dio origen al nacimiento de una comunidad perteneciente de la parroquia Paccha Cantón Atahualpa.

El origen del nombre Cerro Azul, se debe a un fenómeno natural que consiste en ponerse azul los cerros que rodean este lugar tanto en la mañana y en la tarde por esta razón lleva este nombre y San Juan por el patrono de Paccha. Se cuenta que el primer poblador fue el sr. Jacinto Pineda cuya actividad era talar árboles para obtener madera y con eso sostener a la familia. Los propietarios de los terrenos fueron los Sres. Raúl Valarezo y Vicente Macas, ellos vendieron solares en el cual se construyeron casas mixtas y de madera que se denominaban ranchos, poco a poco fueron llegando más pobladores de Zaruma, Chilla, Paccha y Pueblo Viejo.

En el transcurso de 1996-2000 se conformó la primera junta Cívica la misma que fue de la siguiente manera: Presidente Sr. Juan Valarezo, Vicepresidente Norberto Andrade, Tesorero Sr. Victoriano Dávila y secretario Sr. Jacob Pineda.

Con esa junta Cívica y las autoridades cantonales de esos dos periodos se gestionó la parroquialización. El Registro Oficial No. 252, fue entregado al nuevo Alcalde Abg. Jorge José Ruilova Tinoco el día jueves 25 de Julio del 2001 y desde aquel entonces somos y seremos parroquia San Juan de Cerro Azul.